Zur ganzheitlichen Betreuung der Bewohnerinnen und Bewohner des Hauses St. Josef gehört das Seelsorgeangebot der beiden großen christlichen Konfessionen. Die Franziskanerbrüder vom Heiligen Kreuz legen als katholischer Träger großen Wert auf eine christliche Lebenskultur und Hausgemeinschaftsgestaltung. Seelsorgerinnen und Seelsoger begleiten die Bewohnerinnen und Bewohner kompetent und einfühlsam. Die gesamte Arbeit beruht auf einem ökumenischen Seelsorgekonzept.

In der benachbarten Krankenhauskapelle sind die Bewohnerinnen und Bewohner von St. Josef als Gäste der täglichen katholischen Gottesdienste der Klostergemeinschaften herzlich willkommen. Jeden Donnerstagvormittag zelebriert Pater Wilson ab 10 Uhr im zweiten Obergeschoss im Raum der Stille im Haus St. Josef eine Heilige Messe. An einem Dienstag im Monat wird mit Pfarrerin Sabine Stierle ein evangelischer Gottesdienst im Hause gefeiert. 

Einzelheiten wie besondere Gottesdienste, Konzerte und andere interessante Veranstaltungen werden durch Aushang im Haus regelmäßig bekannt gegeben. Eine Gruppe ehrenamtlich tätiger Personen unterstützen die Arbeit des Seelsorgeteams und steht nach persönlicher Absprache für kleinere Dienste und Aufgaben zur Verfügung.