Die Schulleitung setzt sich zusammen aus einer Schulleiterin und zwei Konrektoren

Das Team der Schulleitung arbeitet kooperativ auf der Grundlage des in den Leitlinien "nicht aufhören anzufangen" niedergelegten Auftrags und Selbstverständnisses der Stiftung kreuznacher diakonie und auf Basis der geltenden Rechts- und Verwaltungsvorschriften (Schulgesetz, Privatschulgesetz usw.) Die jeweiligen Aufgaben bearbeiten die Mitglieder der Schulleitung selbstständig.

Zu den Aufgaben der Schulleitung gehört insbesondere die Förderung der Zusammenarbeit zwischen Lehrer/-innen, Pädagogischen Fachkräften, Erziehungsberechtigten, Schülerinnen und Schülern sowie  den Trägern außerschulischer Einrichtungen für Behinderte. Die Schulleitung schafft gemeinsam mit der Gesamtkonferenz die notwendigen Bedingungen, um den Erziehungs- und Unterrichtsauftrag der Bethesda-Schule zu erfüllen. Dabei bezieht sie neue Erkenntnisse der Pädagogik, Didaktik und Fachwissenschaft ein.

Die Schule arbeitet mit der Geschäftsführung des Rehabilitationszentrums Bethesda eng zusammen. Monatlich finden Gespräche mit dem Geschäftsführer Aufgabenbereich Pädagogik statt, der auch in der Gesamtkonferenz anwesend ist. Darüber hinaus findet jährlich eine ganz der Schule gewidmete Sitzung mit der Schulleitung statt, an der alle Geschäftsführungsmitglieder teilnehmen.